P: ¿Cómo puedo mostrar el menú contextual de los elementos del diagrama cuando se hace clic con el botón derecho del ratón?

R: Implemente DiagramListener.nodeClicked (o LinkClicked para enlaces) y muestre un JMenuPopup, por ejemplo:

public void nodeClicked(NodeEvent e)
{
	final DiagramNode node = e.getNode();
	if (e.getMouseButton() == MouseEvent.BUTTON3)
	{
		JPopupMenu menu = new JPopupMenu();
		menu.add("Delete").addActionListener(new ActionListener() {
			public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
			{
				diagram.getNodes().remove(node);
			}
		});
		Point p = diagramView.docToDevice(e.getMousePosition());
		menu.show(diagramView, p.x, p.y);
	}
};